শুভেন্দ্র নাথ ভট্টাচর্য্য 2004 সালে ‘ এ এ এ এস  – জ ই হেলথ ক্যার ‘ – এর তরুণ বিজ্ঞানী পুরস্কার পান। একই বছর তিনি ভারতীয় জাতীয় বিজ্ঞান একাডেমির তরুণ বিজ্ঞানী পুরস্কারও পান । হিউম্যান ফ্রন্টিয়ার সায়েন্স প্রোগ্রাম অর্গানাইজেশন তাকে ক্যারিয়ার ডেভেলপমেন্ট অ্যাওয়ার্ড প্রদান করে  এবং তিনি বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিভাগের স্বর্ণজয়ন্তী ফেলোশিপের জন্য নির্বাচিত হন । উভয় সম্মানই ২০০৮ সালে তিনি পেয়েছিলেন। তিনি জাতীয় জীববিজ্ঞান পুরস্কার পান।

বায়োটেকনোলজি বিভাগের ক্যারিয়ার উন্নয়নের জন্য পুরস্কার এবং ২০১৫ সালে এলসেভিয়ার এবং ন্যাশনাল একাডেমি অফ সায়েন্সেস, ভারতের না সি–স্কোপাস ইয়াং সায়েন্টিস্ট অ্যাওয়ার্ড ।

কাউন্সিল অফ সায়েন্টিফিক অ্যান্ড ইন্ডাস্ট্রিয়াল রিসার্চ ভট্টাচার্যকে ভূষিত করেছে, যিনি ২০১৬ সালের অধ্যাপক বি কে বাছাওয়াত মেমোরিয়াল ট্রাভেল অ্যাওয়ার্ডের প্রাপক, শান্তি স্বরূপ ভাটনগর পুরস্কার , ২০১৬ সালে সর্বোচ্চ ভারতীয় বিজ্ঞান পুরস্কারগুলির মধ্যে একটি।  তিনি আধুনিক ভারতের ১২ জন তরুণ অর্জনকারীদের মধ্যে একজন ছিলেন এবং ২০১৬ সালের শুলিনি বিশ্ববিদ্যালয়ের ক্যালেন্ডারে স্থান পান । এছাড়া ও তিনি বিভিন্ন সুপরিচিত বিজ্ঞানী ও গবেষক দের সমন্বয় সাইন্স আর্টিকেল প্রকাশ করেন তাদের মধ্যে বিশেষ কিছু গুরুত্বপূর্ণ হলোঃ-

• “ইনসুলিনের মতো গ্রোথ ফ্যাক্টর–১ প্রতিবেশী কোষে ‘ এম আই আর – ১১২‘ উৎপাদনকে বাধা দেয় যাতে মানুষের হেপাটোমা কোষের বিস্তার নিশ্চিত করতে এর আন্তঃকোষীয় স্থানান্তর কমাতে পারে”
• “স্তন্যপায়ী নিউরনের ডেনড্রাইটে বিশেষায়িত পি–বডির মতো গঠন থাকে যা নিউরোনাল অ্যাক্টিভেশনে সাড়া দেয়”
• “পুরুষ জীবাণু কোষের ক্রোমাটয়েড বডি: প্রক্রিয়াকরণ সংস্থার সাথে মিল এবং ডিসার এবং মাইক্রোআরএনএ পাথওয়ে উপাদানগুলির উপস্থিতি”
• “মানব কোষে মাইক্রোআরএনএ রিপ্রেশন এবং এমআরএনএ পি–বডি স্থানীয়করণের স্ট্রেস–প্ররোচিত বিপরীতমুখী“।